Ingénieur de Recherche en génomique du paysage et sciences appliquées (H/F)

 
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WorkplaceNantes, Poitou-Charentes, France
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Centre National de la Recherche Scientifique

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Ingénieur de Recherche en génomique du paysage et sciences appliquées (H/F)

Date Limite Candidature : vendredi 4 février 2022

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Informations générales

Référence : UAR2029-SIMBLA-002
Lieu de travail : MOULIS
Date de publication : vendredi 14 janvier 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d’embauche prévue : 31 mars 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2641 et 3004 euros brut mensuel selon expérience
Niveau d’études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 5 à 10 années

Missions

Un poste d’Ingénieur de Recherche en génomique du paysage visant à développer un indice de fragmentation à destination des gestionnaires de l’environnent est ouvert à candidature au sein de l’équipe LINKING de la station SETE-CNRS (?url=https%3A%2F%2Fsete-moulis-cnrs.fr&module=jobs&id=30089" target="_blank" rel="nofollow">https://sete-moulis-cnrs.fr). Le transfert des connaissances fondamentales vers le monde de la gestion par le développement d’outils opérationnels est l’un des objectifs-clés de l’équipe LINKING.

Missions Le candidat retenu sera impliqué dans un projet financé par L’Office Français pour la Biodiversité et aura pour mission de participer au développement d’un indice de fragmentation en rivière à partir de données moléculaires. L’objectif de cet indice est d’identifier les obstacles à l’écoulement les plus problématiques en termes de connectivité piscicole afin d’orienter les politiques de restauration. Une première version de cet indice a été mise au point et l’objectif sera ici de l’enrichir de nouvelles fonctionnalités et d’organiser son transfert opérationnel à destination des gestionnaires. Le candidat retenu combinera pour cela données issues de simulations et données moléculaires (génétiques, génomiques et épigénétiques) acquises ou en cours d’acquisition. Le candidat utilisera ces données et divers outils pour contribuer au développement de solutions innovantes en partenariat avec les chercheurs impliqués. Le candidat sera notamment en charge des analyses bioinformatiques et statistiques des données moléculaires (simulées et récoltées). Enfin le candidat devra également pouvoir s’investir pleinement dans le travail d’équipe, et notamment participer et organiser des missions de terrain afin d’échantillonner les organismes-cibles (poissons) en milieux aquatiques.

Activités

-Acquisition de données génomiques et épigénomiques -Génération de simulations backward et forward in time.
-Traitement statistique des données empiriques et simulées
-Traitement bio-informatique des données de séquençage (short read et long read)
-Veille bibliographique
-Rédaction d’article
-Développement d’outils opérationnels pour les gestionnaires
-Réunions d’avancement et de synthèse avec les gestionnaires
-Rédaction de rapports d’étapes
-Encadrement d’étudiants.

Compétences

- de solides connaissances théoriques et techniques en génétique du paysage, avec de préférence une maîtrise des enjeux méthodologiques et statistiques propres aux réseaux dendritiques (autocorrélation spatiale, patrons de colinéarité, flux de gènes asymétriques, etc.).
- une très bonne maîtrise des procédures d’identification de marqueurs génomiques et épigénétiques
- de fortes compétences en analyses et en programmation biostatistiques.
- une maîtrise des outils de simulations génétiques afin de pouvoir proposer des scénarios d’évaluation in silico de l’indice développé.
- une connaissance préalable des milieux aquatiques et des pratiques d’échantillonnages (pêches électriques) qui y sont associées.
- une connaissance approfondie du monde de la gestion est requise.
- une bonne maîtrise à la fois de l’anglais et du français, car des échanges avec les parties prenantes (gestionnaires de barrages, associations locales et administrations) seront nécessaires.

Contexte de travail

Le candidat exercera ses fonctions au sein de la Station d’Ecologie Théorique et Expérimentale (SETE) de Moulis en Ariège (UPR2001), sous la direction de Simon Blanchet. Il/elle sera intégré(e) au sein de l’équipe LINKING qui s’intéresse aux liens entre pressions anthropiques et biodiversité.

Contraintes et risques

-Travail sur ordinateurs
-Travail en milieux isolés
-Manipulation d’électricité
In your application, please refer to myScience.fr and reference JobID 30089.