Contrat doctoral ’Origines et diversité du palmier dattier d’al-’Ul? Oasis, Arabie saoudite : une approche multidisciplinaire combinant génomique, ethnobotanique et archéobiologie’ H/F

     
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Lieu de travailParis, Ile-de-France, France
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Contrat doctoral "Origines et diversité du palmier dattier d’al-’Ul? Oasis, Arabie saoudite : une approche multidisciplinaire combinant génomique, ethnobotanique et archéobiologie" H/F

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Informations générales

Référence : UMR7206-VINBAT-002
Lieu de travail : PARIS 16
Date de publication : lundi 2 décembre 2019
Nom du responsable scientifique : Vincent Battesti
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 février 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 ¤ brut mensuel

Description du sujet de thèse

- Description du projet

Située dans le nord-ouest du royaume d’Arabie saoudite, l’oasis d’al-’Ul?, considérée comme un territoire éloigné et isolé, est l’objet d’un projet de développement ambitieux du gouvernement saoudien. Al-’Ul? est principalement un terroir agricole, le palmier dattier (Phoenix dactylifera L.) étant la plante ingénieure de ce système complexe façonnée par l’Homme, et par ailleurs une partie essentielle de l’économie du comté, qui en outre fait vivre ses communautés. Le développement touristique et économique aura un impact sur les zones urbaines et l’agriculture et en particulier sur les palmiers dattiers. Un projet durable nécessite donc une évaluation précise de la richesse de l’agrobiodiversité des palmiers dattiers locaux.

L’objectif de ce projet doctoral est de produire une estimation complète de la diversité passée et présente du palmier dattier ainsi que de comprendre ses origines et son évolution dans le temps. Les analyses génomiques et morphométriques des graines de dattiers modernes et anciens nous renseigneront sur l’agrobiodiversité : leur diversité, leurs origines, leurs provenances et leurs transformations depuis le début de la culture du palmier dattier dans l’oasis al-’Ul? à nos jours. Ces résultats seront interprétés à la lumière de l’enquête ethnobotanique réalisée en parallèle.
Au-delà de la caractérisation du matériel génétique local, ce projet fournira les connaissances fondamentales pour le développement durable de l’oasis, les objectifs de conservation et les programmes de sélection.

Tâche 1. Évaluation de la diversité des palmiers dattiers dans l’oasis d’al-’Ul? et sa région L’objectif est de décrire la structure et l’étendue de la diversité actuelle des palmiers dattiers dans l’oasis d’al-’Ul? et la région environnante. Le ou la doctorante participera à la collecte de matériel (graines et folioles) sur le terrain, en Arabie Saoudite. Il/elle sera formé(e) au laboratoire de NYUAD (extraction d’ADN, préparation d’une bibliothèque pour le séquençage), et générera un ensemble de données SNP qui sera analysé à l’aide de méthodes de génétique/génomique des populations. Il/elle produira également un ensemble de données sur la taille et la forme des graines (modernes et anciennes) à l’aide de méthodes morphométriques et l’analysera. Les résultats seront interprétés à la lumière de l’enquête ethnobotanique.

Tâche 2. Origines et histoire de l’évolution des palmiers dattiers d’al-’Ul? L’objectif est de déduire les origines de la diversité de l’oasis d’al-’Ul? et son évolution dans le temps. Les bases de données génomiques et morphométriques sur les graines, générées dans la Tâche 1, seront incorporées dans les bases de données existantes de la diversité actuelle des palmiers dattiers du monde entier. Des méthodes de génomique/modélisation des populations seront employées pour déduire d’où proviennent les palmiers dattiers d’al-’Ul?. La vaste base de données morphométriques sur les graines permettra d’inférer précisément l’évolution de la diversité phénotypique dans le temps.

- Profil et compétences requises

Le ou la candidate doit être titulaire d’un master (ou l’équivalent) en biologie et une excellente expertise en génomique des populations et en biologie de l’évolution. Des compétences en bioinformatique sont souhaitables (langages R et bash), car les approches bioinformatiques seront utilisées pour l’analyse des données génomiques. Le ou la candidate doit aussi avoir une appétence pour l’interdisciplinarité, en particulier pour les archéosciences/archéobiologie et l’ethnobotanique.

Contexte de travail

- Encadrement

Le ou la doctorante sera encadrée par trois chercheurs ayant une grande expérience en biologie, évolution, histoire, archéobotanique, ethnoécologie et ethnobotanique du palmier dattier : M. Gros-Balthazard (NYUAD: morphométrie et génomiques des populations), Vincent Battesti (CNRS-MNHN, Musée de l’Homme, Paris: ethnoécologie et ethnobotanique) et Jean-Frédéric Terral (ISEM, Montpellier: archéobiologie et paléoécologie). Il ou elle sera encadrée en génomique des populations par la Dr. Muriel Gros-Balthazard (New York University Abu Dhabi) trois mois par an. Il ou elle sera encadrée aussi en ethnobotanique par le Dr. Vincent Battesti, CNRS, à Paris.

Le ou la candidate devra être mobile, puisqu’il ou elle sera principalement basé à Montpellier (ISEM), mais passera plusieurs mois par an à l’étranger (à Abu Dhabi principalement et sur le terrain au Royaume d’Arabie saoudite). Plusieurs déplacements à Paris et à l’étranger pour des conférences sont également prévus.
Le ou la doctorante s’inscrira à l’école doctorale GAIA de l’Université de Montpellier (ED 584), ville où il/elle résidera la plus grande partie de l’année.

- Environnement matériel et scientifique (conditions de sécurité spécifiques)

Les ressources humaines et techniques nécessaires à la réalisation de la thèse sont planifiées et budgétisées, notamment les moyens de recherche sur le terrain (billets d’avion, per diem, etc.), ou sont présents dans les laboratoires/institutions hôtes.
- Collections de matériel biologique : ISEM and NYUAD
- Morphométrie : ISEM,
- Génomique : NYUAD,
- Ethnoécologie and ethnobotanique : CNRS-MNHN, Musée de l’Homme, Paris.

Contraintes et risques

Le ou la doctorante travaillera dans le cadre d’un contrat de doctorat de trois (3) ans avec le CNRS et devra réaliser sa thèse de doctorat au cours de ces trois années. Le calendrier de recherche sera discuté avec les directeurs de thèse.

Cette opportunité unique de mener une recherche multi-site de trois ans ouverte sur différentes disciplines permettra de mener des recherches sur le terrain en Arabie Saoudite dans une région sécurisée du royaume, au nord-ouest, région qui s’ouvre au tourisme.

Une très bonne connaissance de l’anglais est souhaitable. Des rapports annuels d’avancement de la recherche devront être rédigés en anglais pour le projet.

Informations complémentaires

- RCU (Royal Commission for al-Ula): https://rcu.gov.sa - AFALULA: ?url=https%3A%2F%2Fwww.afalula.com&module=jobs&id=18205" target="_blank" rel="nofollow">https://www.afalula.com - CNRS: ?url=https%3A%2F%2Fcnrs.fr&module=jobs&id=18205" target="_blank" rel="nofollow">https://cnrs.fr - Université de Montpellier: ?url=https%3A%2F%2Fwww.umontpellier.fr&module=jobs&id=18205" target="_blank" rel="nofollow">https://www.umontpellier.fr - ISEM: ?url=http%3A%2F%2Fwww.isem.univ-montp2.fr%2Ffr%2Fequipes%2Fdynamique-de-la-biodiversite-anthropoecologie-index%2F&module=jobs&id=18205" target="_blank" rel="nofollow">www.isem.univ-montp2.fr/fr/equipes/dynamique-de-la-biodiversite-anthropoecologie-index/ - Lab. Éco-anthropologie (Musée de l’Homme): ?url=https%3A%2F%2Fwww.ecoanthropologie.fr&module=jobs&id=18205" target="_blank" rel="nofollow">https://www.ecoanthropologie.fr
- Center for Genomics and Systems Biology (NYU Abu Dhabi): https://cgsb.abudhabi.nyu.edu

Web

Lors de votre postulation, veuillez vous référer à myScience.fr et indiquer la référence JobID 18205.

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