Bactéries et virus : un réseau de relations dans nos intestins

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Réseau d’interactions entre les phages (en bleu) et les bactéries (en vert

Réseau d’interactions entre les phages (en bleu) et les bactéries (en vert) présent dans un microbiote humain. Les traits représentent l’assignation d’un phage à son hôte bactérien. © Martial Marbouty / Romain Koszul

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L’équilibre du microbiote intestinal humain est crucial pour la santé. Il se compose de centaines d’espèces bactériennes et de phages (des virus qui n’infectent que les bactéries). Une équipe de recherche, comprenant des scientifiques du CNRS 1 et de l’Institut Pasteur, a caractérisé avec une précision sans précédent les réseaux d’interaction phages-bactéries du microbiote de dix individus sains. Les scientifiques ont détecté plusieurs centaines de génomes de bactéries et de phages et identifié les milliers d’interactions les liant grâce à la quantification des contacts entre les molécules d’ADN des virus et de leurs hôtes. Cette méthode a l’avantage de fournir des données exhaustives à partir de très peu d’échantillons biologiques. Les résultats ont ensuite été analysés avec des algorithmes semblables à ceux appliqués à l’étude des communautés d’individus sur les réseaux sociaux. La mise en lumière de ce panorama de relations entre bactéries et phages pourrait s’appliquer à des thérapies impliquant le microbiote intestinal, telles que la transplantation fécale et la phagothérapie. L’approche utilisée dans l’étude, récemment parue dans eLife, pourrait également déboucher sur des analyses plus précises des écosystèmes terrestres et marins.

  • 1. Les chercheurs et chercheuses travaillent au laboratoire de Génétique des génomes (CNRS/Institut Pasteur) et au Bioinformatics and Biostatistics Hub (CNRS/Institut Pasteur)

MetaHiC phage-bacteria infection network reveals active cycling phages of the healthy human gut. Martial Marbouty, Agnès Thierry, Gaël A. Millot et Romain Koszul. eLife, le 26 février 2021. DOI: 10.7554/eLife.60608


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