F Analyse de la dynamique de la diversité microbienne dans la grotte de Lascaux

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H/F Analyse de la dynamique de la diversité microbienne dans la grotte de Lascaux

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Informations générales

Référence : UMR5557-BEABIG-007
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : lundi 2 décembre 2019
Nom du responsable scientifique : Yvan Moënne-Loccoz
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 2 janvier 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

La grotte de Lascaux fait l’objet d’analyses d’écologie microbienne pour caractériser la communauté de microorganismes colonisant naturellement les parois de la grotte et documenter leurs dynamiques de population, dans un objectif pratique de gestion de la grotte pour optimiser les conditions de conservation des peintures et gravure.
L’objectif général est (i) d’évaluer la dynamique spatio-temporelle des communautés microbiennes de la grotte, (ii) de caractériser les gènes et potentialités métaboliques de la communauté microbienne, et (iii) d’analyser les interactions entre microorganismes et collemboles présents dans la grotte.
Les différentes parties concernent : A. Caractérisation des successions microbiennes sur les parois.
La diversité microbienne sera analysée au cours du temps sur des zones particulières, par un séquençage ciblé des bactéries (gène ARNr 16S), des archées (gène ARNr 16S) et des micro-eucaryotes (gène ARNr 18S), avec aussi un focus sur les champignons (ITS). Ces communautés seront caractérisées par métabarcoding (séquençage haut-débit). Les résultats de séquençage seront traités par bioinformatique, avec ensuite des analyses statistiques multivariées.
B. Caractérisation du potentiel génétique des communautés microbiennes.
Une approche globale de métagénomique sera mise en place sur différentes surfaces de la grotte. L’ensemble des ADN sera extrait puis séquencé avec une technologie haut-débit. Les résultats de séquençage seront traités par bioinformatique. Des PCR quantitatives sont également prévues.
C. Analyse des relations entre collemboles et microorganismes.
Les collemboles présents dans la grotte seront mis en élevage, et leurs interactions avec les microorganismes de Lascaux seront caractérisées par des techniques Pasteuriennes et de séquençage.

Contexte de travail

Thèse dirigée par Mr MOËNNE-LOCCOZ Yvan et Mme HUGONI Mylène. Le travail s’effectuera sur le terrain (échantillonnage dans les grottes) et au laboratoire d’Ecologie microbienne (UMR 5557), sur le campus de la Doua

Contraintes et risques

Nécessité de pouvoir travailler dans des grottes, et de combiner approches de microbiologie et de bioinformatique.
Risques liés aux teneurs en CO2 dans les grottes, et à l’utilisation de produits chimiques classiques dans le laboratoire.