H/F Assistant(e) Ingénieur(e) au sein de la plateforme de séquençage de l’IGFL

 
Published
WorkplaceLyon, Rhône-Alpes, France
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Position
Centre National de la Recherche Scientifique

H/F Assistant(e) Ingénieur(e) au sein de la plateforme de séquençage de l’IGFL

Date Limite Candidature : lundi 24 mai 2021

Faites connaître cette offre !

Informations générales

Référence : UMR5242-BENGIL-002
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : lundi 3 mai 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d’embauche prévue : 1 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2000
Niveau d’études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Affectée à la plateforme de séquençage NGS, la personne recrutée devra adapter et mettre en œuvre les techniques spécialisées de séquençage NGS (en particulier sur séquenceurs Illumina (NextSeq500, MiSeq) et MinION) pour réaliser des projets de la plateforme. L’AI optimisera et utilisera ces techniques aux différentes étapes des projets : de la préparation des échantillons (extraction, purification et qualification des acides nucléiques), à la construction des banques et jusqu’à l’acquisition des données de séquençage à haut débit. En particulier, elle devra maîtriser le bon fonctionnement des différents équipements spécifiques au séquençage NGS (des outils de quantification et qualification des acides nucléiques aux séquenceurs). Elle mettra en œuvre toute mesure nécessaire au bon fonctionnement général de la plateforme en étant amené(e) à assumer des responsabilités d’intérêt collectif (gestion des stocks et des équipements, relation avec le magasin central et les fournisseurs). Elle aura des interactions avec les autres membres de l’équipe, les services communs et des interlocuteurs et utilisateurs extérieurs (chercheurs statutaires, post-doctorants, étudiants, personnels techniques). Elle aura un rôle important pour l’organisation de l’équipe, en tant que soutien technique. Enfin, elle aura un rôle clé auprès des utilisateurs dans la formation et la diffusion du savoir technique dans le domaine du NGS.

Activités

- Participer à la réalisation des projets scientifiques et aux développements technologiques de la plateforme ;
  • Gérer et conduire de façon autonome des projets de séquençage de routine ;
  • Rédiger les comptes rendus des expérimentations réalisées et les fichiers de synthèse des résultats obtenus ;
  • Avoir une approche critique pour présenter les résultats afin d’en garantir la qualité ;
  • Synthétiser les procédures techniques et les protocoles appliqués ;
  • Gérer les moyens techniques et participer à la gestion et l’organisation générale de la plateforme (gestion des stocks, suivi du matériel, maintenance des équipements) ;
  • Assister les utilisateurs dans l’utilisation des équipements spécifiques de la plateforme ;
  • Suivre les évolutions scientifiques et technologiques dans le domaine des NGS, se former pour les mettre en œuvre ;
  • Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques NGS les utilisateurs (personnel IGFL et extérieurs, chercheurs, Post-doc, ITA, stagiaires, académiques et privés) accueillis au sein de la plateforme.

    Compétences

    - Expérience professionnelle et connaissances solides en NGS (expérience à 3 ans) ; - Maîtriser les techniques de base et spécialisées de biologie moléculaire : préparation et contrôle qualité des acides nucléiques (extraction, quantification et qualification), PCR, RT-PCR, construction et qualification des banques NGS, séquençage NGS ; - Maîtriser le séquençage sur plateforme Illumina NextSeq500 serait un plus ; - Maîtriser les protocoles de séquençage d’analyse sur cellule unique serait un plus ; - Avoir une expérience sur le séquençage MinION (Oxford Nanopore Technologies) serait un plus ; - Maîtriser l’utilisation des séquenceurs et les équipements périphériques ; - Capacité à adapter des protocoles existants dans le cadre d’un projet scientifique ; - Connaissance des règlementations du domaine en hygiène et sécurité et BPL. Une sensibilité du management de la qualité serait un plus ;
  • Bonne connaissance des outils bureautiques et informatiques pour l’enregistrement des données, le pilotage d’appareils et pour la gestion des données acquises ;
  • Savoir-faire pour communiquer les résultats sous forme de rapports et/ou de restitution orale ;
  • Très bonne aptitude relationnelle permettant de travailler avec un large panel d’interlocuteurs ;
  • Anglais scientifique niveau B1 (cadre européen commun de référence pour les langues) ;
  • Autonomie dans les projets de routine.

    Contexte de travail

    L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL UMR5242, ?url=http%3A%2F%2Figfl.ens-lyon.fr&module=jobs&id=25958" target="_blank" rel="nofollow">http://igfl.ens-lyon.fr) a développé depuis 2012 une plateforme de séquençage d’ADN haut-débit nommée PSI (pour plateforme de séquençage NGS de l’IGFL, ?url=http%3A%2F%2Figfl.ens-lyon.fr%2Foffres-et-technologies%2Fplatforms%2Fsequencing-platform&module=jobs&id=25958" target="_blank" rel="nofollow">http://igfl.ens-lyon.fr/offres-et-technologies/platforms/sequencing-platform). Aujourd’hui, celle-ci est en plein essor : active dans le développement technologique, maîtrisant de nombreuses applications de séquençage (DNAseq, RNAseq, miRNAseq, DualRNAseq, ChIPseq, Bisulfite-seq, séquençage grands fragments, ....), la plateforme possède un parc machine présentant les technologies clés du marché (Illumina, Ion torrent et MinION). Pour poursuivre son développement et répondre aux besoins croissants de séquençage des utilisateurs académiques et privés, la plateforme recherche un(e) Assistante(e) Ingénieur(e) (AI), expert(e) du domaine de séquençage NGS.

    Contraintes et risques

    - Travail isolé en milieu confiné de type salle blanche ;
  • Risques inhérents au travail en laboratoire de recherche.
In your application, please refer to myScience.fr and reference JobID 25958.