PhD imagerie interactions dans le plancton marin H/F

Centre National de la Recherche Scientifique

PhD imagerie interactions dans le plancton marin H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 13 juillet 2022

Informations générales

Référence : UMR5168-JOHDEC-008
Lieu de travail : GRENOBLE
Date de publication : mercredi 22 juin 2022
Nom du responsable scientifique : Johan Decelle
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Projet:
Les interactions hôtes-parasites sont répandues dans le plancton marin unicellulaire. L’objectif principal du projet sera de mieux comprendre les stratégies trophiques du parasite pendant son développement intracellulaire dans l’hôte (dinoflagellé) en utilisant des techniques d’imagerie subcellulaire (nanoSIMS couplé au marquage isotopique et microscopie électronique 3D) et de métabolomique (lipidomes). De plus, pour mieux comprendre le métabolisme et les mécanismes d’infection de la forme libre du parasite, le deuxième objective du projet sera de révéler l’ultrastructure en 3D des dinospores libérés après infection avec des approches de microscopie électronique 3D (FIB-SEM et cryo-tomographie).

Activités :

• Culture du système microalgue (hôte) - parasite en laboratoire - Analyses photo-physiologiques (photosynthèse, fixation du carbone) - Incubation avec isotopes stables couplée au nanoSIMS - Microscopie électronique 3D (FIB-SEM et cryo-electron tomographie) - Analyse d’images (segmentation, reconstruction 3D) - Communication à travers meetings et workshops internationaux.

Compétences et connaissances attendues :

• Formation en biologie
• Connaissances et Intérêts pour les interactions cellulaires : symbioses mutualistes ou parasitisme
• Expertise en culture et physiologie des microalgues sera appréciée - Connaissances et expertise en préparation d’échantillons pour la microscopie électronique 3D (FIB-SEM, cryo-TEM), et analyse d’images pour reconstruction 3D.
• Aptitude à travailler de manière autonome dans un environnement interdisciplinaire et international (anglais courant), et d’interagir dans un groupe de recherche jeune et dynamique.

Contexte de travail

Le-la candidat(e) fera partie de l’équipe Photosymbiose (photosymbiosis.com) du LPCV -laboratoire de Physiologie Cellulaire et Végétale - (UMR 5168 - CNRS -CEA - Univ. Grenoble Alpes - INRA) au sein de l’institut IRIG du CEA de Grenoble. Les projets de l’équipe Photosymbiose visent à mieux comprendre le fonctionnement des interactions entre unicellulaires (photosymbiose, parasitisme) en combinant des approches de microscopie subcellulaire (nanoSIMS, Synchrotron X-Ray fluorescence, microscopie électronique 3D). Localement, le projet sera en étroite collaboration avec l’institut IRIG : plateforme INAC (IRIG) et l’Institut de Biologie Structurale (IBS, Grenoble).

Contraintes et risques

Aucun risque n’est lié au projet. Les parasites ne sont pas des pathogènes humains.