Ingénieur Bioinformaticien (H/F) en analyse de données omiques

 
Published
WorkplaceParis, Ile-de-France, France
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Position
Centre National de la Recherche Scientifique

Date Limite Candidature : lundi 10 avril 2023

Informations générales

Intitulé de l’offre : Ingénieur Bioinformaticien (H/F) en analyse de données omiques
Référence : UMR9198-DANGAU-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : lundi 20 mars 2023
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d’embauche prévue : 1 mai 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2280 et 2405 euros brut mensuel selon l’expérience
Niveau d’études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Missions

La personne recrutée soutiendra l’activité des chercheurs et étudiants bioinformaticiens dans les équipes « Bio-Informatique Moléculaire » (BIM) et « Séquence, Structure et Fonction des ARN » (SSFA) de l’I2BC. Elle participera aux projets de recherche et à la conception et au développement de logiciels d’analyse, de bases de données et interfaces utilisateurs, dans le domaine de la génomique, de la transcriptomique et de l’analyse des réseaux biologiques. Elle sera sous la responsabilité hiérarchique d’un des deux responsables d’équipe

Activités

- Mettre en place et participer à des projets d’analyse/fouille de données de séquences à haut débit (genome/transcriptome/proteome) - Déployer et assurer la maintenance de services bioinformatiques en ligne sur différentes plateformes (cluster local, cloud, serveurs web - Assurer une veille technologique sur les bonnes pratiques de développement et sur les méthodologies pertinentes pour les équipes d’accueil.
  • Diffuser et valoriser des savoir-faire bioinformatiques dans l’I2BC via une participation aux activités de la plateforme de bioinformatique de l’unité (20% du service)
  • Conseiller et former aux techniques et outils développés
  • Encadrer des stagiaires de niveau L2 à M2 (un à deux par an)
  • Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie

Compétences

Connaissance, savoir :
  • Connaissance approfondie des outils et concepts utilisés en bioinformatique des génomes (genome/transcriptome/proteome)
  • Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie)
  • Biologie (connaissance générale)
  • Master en bioinformatique
  • Anglais niveau B1
    Savoir-faire :
  • Maîtrise des langages Python et R
  • Maîtrise d’au moins un gestionnaire de workflow (Nextflow et/ou Snakemake)
  • Expérience en production de conteneurs Linux (Docker, Singularity)
  • Bonne pratique de la maintenance de code et de la gestion de versions (github, gitlab)
  • Connaissance approfondie des bases de données de séquences, de l’analyse des données NGS et de l’analyse de réseaux biologiques
  • Maîtrise de la conception et la maintenance en Base de Données relationnelles (PostgreSQL)

Savoir-être:
  • Sens du relationnel et de la communication
  • Curiosité, dynamisme,
  • Capacité à gérer de nombreuses interactions et à travailler sur des projets variés.

Contexte de travail

L’Université Paris-Saclay est l’une des meilleures universités françaises et européennes, à la fois par la qualité de son offre de formation et de son corps enseignant, par la visibilité et la reconnaissance internationale de ses 275 laboratoires de recherche et leurs équipes, ainsi que par l’attention apportée, au quotidien et par tous ses personnels, à l’accueil, l’accompagnement, l’interculturalité et l’épanouissement de ses 48 000 étudiants. L’Université Paris-Saclay est constituée de 10 composantes universitaires, de 4 grandes écoles (AgroParisTech, CentraleSupélec, Institut d’Optique Graduate School, ENS Paris-Saclay), d’un prestigieux institut de mathématiques (Institut des Hautes Études Scientifiques) et s’appuie sur 6 des plus puissants organismes de recherche français (CEA, CNRS, INRAE, Inria, Inserm et Onera). Elle est associée à deux universités (Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines et Université d’Évry) qui fusionneront dans les années à venir et dont les campus jouxtent le territoire du plateau de Saclay et de sa vallée. Ses étudiants, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques et ses partenaires évoluent dans un environnement privilégié, à quelques kilomètres de Paris, où se développent toutes les sciences, les technologies les plus en pointe, l’excellence académique, l’agriculture, le patrimoine historique et un dynamique tissu économique. Ainsi l’Université Paris-Saclay est un établissement de premier plan implanté sur un vaste territoire où il fait bon étudier, vivre et travailler. Site web : ?url=https%3A%2F%2Fwww.universite-paris-saclay.fr%2Ffr&module=jobs&id=37672" target="_blank" rel="nofollow">?url=https%3A%2F%2Fwww.universite-paris-saclay.fr%2Ffr&module=jobs&id=37672" target="_blank" rel="nofollow">https://www.universite-paris-­saclay.fr/fr
In your application, please refer to myScience.fr and reference JobID 37672.