Postdoc (H/F) en écologie et évolution des plantes

Centre National de la Recherche Scientifique

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
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Date Limite Candidature : jeudi 13 avril 2023

Informations générales

Intitulé de l’offre : Postdoc (H/F) en écologie et évolution des plantes
Référence : UMR5175-FRAVAS-010
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : jeudi 23 mars 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d’embauche prévue : 1 mai 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2800€ et 3200€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d’études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

Missions

La taille du génome peut avoir un impact sur divers aspects de la biologie végétale, notamment l’expression des gènes, le développement et l’adaptation à différents environnements (Knight and Beaulieu, 2008). Cependant, la relation entre la taille du génome et les caractères phénotypiques chez les plantes est complexe et n’est pas entièrement comprise (Elliott and Gregory, 2015).

La taille du génome peut affecter l’expression et la régulation des gènes, ce qui peut à son tour influencer les caractéristiques phénotypiques. Par exemple, certaines études ont suggéré que des génomes plus grands peuvent être associés à une plus grande redondance des gènes et à une plus grande diversité fonctionnelle, ce qui pourrait conférer une plus grande adaptabilité et une plus grande résilience aux stress environnementaux (Benett and Leitch, 2005).

En outre, la taille du génome peut affecter le taux de mutation et de recombinaison, ce qui peut conduire à une variation génétique et potentiellement influencer les traits phénotypiques. Certaines études ont suggéré que les plantes dotées de génomes plus grands sont plus susceptibles de subir une polyploïdisation, ce qui peut conduire à une évolution rapide et à l’acquisition de nouveaux caractères (Pellicer et al., 2018).

Dans l’ensemble, la relation entre la taille du génome et les traits phénotypiques chez les plantes est complexe et multiforme, et des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre pleinement les mécanismes qui sous-tendent cette relation.

L’un des effets les plus connus de la taille du génome sur le phénotype de la plante est la corrélation entre la taille du génome et la taille des cellules. En général, les plantes dotées de génomes plus grands ont tendance à avoir des cellules plus grandes, ce qui peut affecter des caractéristiques telles que la taille des feuilles, la hauteur des plantes et la taille des fruits par le biais de relations allométriques (Vasseur et al., 2022). Cela suggère que la taille du génome et ses déterminants (par exemple, le contenu en gènes, le nombre de copies de l’ADNr, la présence ou l’absence de régions chromosomiques, les variants structurels, etc. ) pourraient varier en réponse à la sélection. Cependant, la variation de la taille du génome au niveau intraspécifique reste mal comprise. Les objectifs de la bourse postdoctorale proposée sont les suivants : (1) examiner comment la taille du génome varie entre différents écotypes de l’espèce végétale modèle Arabidopsis thaliana, (2) vérifier si la variation de la taille du génome a un impact sur la taille des cellules et d’autres traits phénotypiques à des échelles organisationnelles plus élevées, (3) vérifier si la taille du génome varie en fonction de l’environnement.

Activités

La taille du génome sera mesurée sur un ensemble d’écotypes choisis avec les dernières technologies de séquençage "long-read" (PacBio et/ou MinION Nanopore). En outre, des données phénotypiques à différentes échelles organisationnelles chez Arabidopsis thaliana sont déjà disponibles dans le laboratoire d’accueil. Ces données comprennent des caractéristiques cellulaires (par exemple, la taille des cellules, la concentration en ARN total et en ARN ribosomal, l’abondance des mitochondries et des chloroplastes), des caractéristiques foliaires (par exemple, la surface foliaire, la masse fraîche et sèche, la largeur et la longueur, le nombre de cellules, la surface cellulaire épidermique et la densité stomatique, la surface foliaire spécifique et la teneur en matière sèche des feuilles), ainsi que des caractéristiques de la plante entière (par exemple, la biomasse des feuilles et des tiges, la hauteur de la plante, le nombre de feuilles, le temps de floraison, l’investissement reproductif). Ces données phénotypiques ont été collectées sur un large ensemble de génotypes préalablement séquencés et provenant d’environnements contrastés. Les relations entre les caractères seront étudiées à l’aide de modèles et d’équations issus du domaine de l’allométrie. Enfin, des approches multivariées seront utilisées pour décrire l’intégration phénotypique du génome au phénotype de la plante entière (ACP, hypervolume, modélisation par équations structurelles et analyse de réseau).

Compétences

Nous recherchons un candidat (H/F) motivé avec un fort intérêt pour la génomique, l’écologie fonctionnelle, la biologie évolutive et la génétique. Nous sommes ouverts aux candidatures de personnes ayant des parcours différents, mais nous recherchons plus particulièrement un postdoc (H/F) ayant des compétences en bioinformatique et en analyse statistique, ainsi qu’une bonne expérience et un goût pour la rédaction scientifique.

Contexte de travail

Le postdoc (H/F) sera affecté au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE, UMR5175, CNRS Montpellier ; ?url=https%3A%2F%2Fwww.cefe.cnrs.fr%2Ffr%2F&module=jobs&id=37759" target="_blank" rel="nofollow">?url=https%3A%2F%2Fwww.cefe.cnrs.fr%2Ffr%2F&module=jobs&id=37759" target="_blank" rel="nofollow">https://www.cefe.cnrs.fr/fr/) au sein de l’équipe ECOPAR, et sera supervisé par François Vasseur et Cyrille Violle. Le postdoc (H/F) sera financé dans le cadre d’un projet ERC dirigé par François Vasseur (projet PHENOVIGOUR).

Contraintes et risques

NA