Ingénieur en Gestion de données (H/F)

Centre National de la Recherche Scientifique

Date Limite Candidature : mercredi 17 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l’offre : Ingénieur en Gestion de données (H/F)
Référence : UAR3601-ANILEF-014
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : ROSCOFF
Date de publication : mercredi 26 juin 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d’embauche prévue : 1 septembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2932,84 et 3557,58 euros bruts/mois selon expérience
Niveau d’études souhaité : Niveau 7 - (Bac+5 et plus)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Missions

Au sein du cas d’étude 2 du projet MUDIS4LS (Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences) dédié à la gestion des données marines, l’ingénieur.e aura en charge l’accompagnement, par la mise en place de recommandations, de Plans de Gestion de Données types et/ou de solutions logicielles, des équipes engagées dans des projets de génomique marine ou d’analyse de biodiversité impliquant des données multi-omiques.

Activités

- Animer des ateliers d’expression des besoins de la communauté marine en lien avec des projets de génomique ou d’analyse de la biodiversité marine puis rédiger la spécification des besoins en identifiant les solutions déjà existantes et en écrivant le cahier des charges de celles à développer ;

• En interaction avec les développements réalisés dans le cadre du projet MUDIS4LS et ceux promus par l’infrastructure nationale DATATERRA (pôles ODATIS/PNDB), préconiser et mettre en œuvre dans des cas d’études précis, des systèmes d’information existants ou en concevoir de nouveaux permettant de collecter, structurer, stocker, qualifier et mettre en relation les données initialement collectées, avant leur envoi vers des systèmes d’information internationaux ;
• Coordonner la définition et garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats dans le domaine des données de génomique et de diversité marines ;
• Assurer une veille technologique concernant les solutions techniques pour gérer les grands volumes de données et suivant les principes F.A.I.R. et directives institutionnelles ;
• Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de l’analyse des données biologiques ;
• Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales ;
• Animer des réseaux professionnels d’échange de compétences ;
• Participer aux groupes de travail chargés de la gestion des données FAIR de projets connexes, au niveau national (projets PPR FUTUREOBS et AO-EMBRC et Gaïa Data, PEPR ATLAsea), et au niveau européen (projet EMO-BON, MARCOBOLO, BioOcean5D, FAIREASE).

Compétences

Maîtrise des outils et concepts liés à la gestion, l’interopérabilité et à la diffusion ouverte de données multimodales ;
Expérience dans la mise en conformité de jeux de données avec les principes FAIR ;
Expérience dans la gestion des métadonnées et connaissance des différentes normes en vigueur ;
Expérience dans l’élaboration d’un plan de gestion de données ;
Expérience en gestion et mise en accès de données scientifiques ;
Connaissance des architectures des systèmes d’information permettant la mise en place de flux de données interopérables :
Maîtrise d’un langage de programmation et de traitement de données (Python, R, Perl) en environnement Unix/Linux ;
Maîtrise de la gestion de grands volumes de données sous forme de base SQL, ou no-SQL ou de collections de fichiers tabulaires (csv, etc.), API REST.
Une connaissance des disciplines scientifiques à l’origine de la collecte et la production de données marines (biodiversité marine, océanographie physique et chimique, imagerie) serait un plus ;
Connaissance du stockage, traitement et analyse des données (de génomique et/ou imagerie et/ou taxinomie et/ou physico/chimie) ;
Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues).

Contexte de travail

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique : infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations.

Le projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+) finance l’équipement de l’ensemble du réseau national de ressources computationnelles (NNCR) de l’IFB, et des développements innovants pour faciliter la gestion des données, et l’appui aux communautés des sciences du vivant (microbiologie, santé, agronomie, environnement).

Dans ce contexte, l’IFB recrute un data scientist.

Lieu de travail : Service Informatique & Bioinformatique, plateforme ABiMS, Station Biologique de Roscoff, Finistère

Contraintes et risques

La personne recrutée sera formée à son arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d’une infrastructure de calcul scientifique. Elle s’intégrera dans son équipe d’accueil, et participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l’IFB pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l’étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.