Doctorant en écologie moléculaire (H/F)

Centre National de la Recherche Scientifique

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :

• Français - - Anglais
  Date Limite Candidature : lundi 21 octobre 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l’offre : Doctorant en écologie moléculaire (H/F)
Référence : UMR7362-LAUHAR-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : lundi 30 septembre 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 novembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d’un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

Description du sujet de thèse

(i) Contexte du projet L’objectif du présent projet de thèse est de développer une méthode de détection précoce d’une espèce exotique envahissante de plante aquatique, Myriophyllum heterophyllum Michx. (Haloragaceae), basée sur une application innovante de l’ADN environnemental (ADNe), alternative aux méthodes visuelles traditionnelles. Elle répond à la demande du partenaire Voies Navigables de France, voyant émerger depuis plus de 10 ans cette espèce en différents points du réseau navigable. Myriophyllum heterophyllum entrave la navigation et, une fois largement implantée, sa gestion consiste uniquement à la faucarder. Il est donc crucial de la détecter précocement, dès le début de son installation pour la gérer efficacement, ce que les méthodes visuelles traditionnelles ne permettent pas. Les objectifs qui constituent ce travail doctoral sont issus d’une analyse bibliographique qui embrasse le domaine des invasions biologiques et celui de l’utilisation de l’ADNe en milieu aquatique.

(ii) Objectifs de l’étude
Cette thèse est dévolue à la détection par ADNe d’une espèce invasive déjà implantée dans une partie du réseau hydrographique du Grand Est : Myriophyllum heterophyllum. Le défi est à la fois méthodologique, fondamental et opérationnel. Certaines étapes de ce travail nécessitent forcément d’être réalisées de concert mais pour une lecture plus fluide, nous présentons ci-après les objectifs selon quatre étapes :
(1) mettre au point la méthode par ADNe pour la détecter spécifiquement (aspects méthodologiques), (2) étudier la diversité potentielle des populations introduites en explorant la diversité génétique des marqueurs ADNe choisis pour la détecter (aspects fondamentaux de compréhension de la dispersion et de potentielles introductions multiples), (3) tester en conditions contrôlées le rapport entre niveaux de détection et biomasse de plantes (aspects méthodologiques et opérationnels), (4) tester sur le terrain et à large échelle la détection de l’espèce pour identifier des points d’introduction et/ou des fronts de progression.

(iii) Activités

• Design d’amorces spécifiques et tests in silico de leur spécificité pour Myriophyllum heterophyllum
• Caractérisation génétique de Myriophyllum heterophyllum : diversité génétique à l’échelle régionale, différentiation vis-à-vis des espèces sœurs, hybridations potentielles
• Tests en mésosomes de la quantification de l’espèce en conditions contrôlées par PCR quantitative (qPCR ou ddPCR)
• Déploiements sur le terrain à travers le réseau Nord-Est de VNF

(iv) Compétences Recherchées
Le maximum des compétences ci-après sera apprécié de la part des candidats :

• Master ou diplôme d’ingénieure en biologie, en écologie, en géologie, en hydrologie ou dans un domaine connexe
• Compétences en collecte et analyse de données biologiques et hydrologiques
• Compétences en analyse de données issus de protocole ADN environnemental
• Maîtrise des outils SIG (Système d’Information Géographique) pour la cartographie
• Maîtrise de la modélisation paysagère des écosystèmes sur la base de données environnementales et d’imagerie
• Aptitude à travailler en équipe pluridisciplinaire et collaborer avec des partenaires nationaux à internationaux
• Forte motivation pour la recherche environnementale et la préservation de la biodiversité
• Le permis de conduire constitue également un atout important concernant les nombreux déplacements de terrain

Contexte de travail

Le ou la candidate sera accueillie dans les locaux du Laboratoire Image Ville Environnement (UMR 7362 Unistra CNRS ENGEES) situés à l’Institut de Botanique. Elle travaillera avec une équipe d’écologues aux compétences variées, de la génétique des populations et ADN environnemental, à l’étude des communautés et la restauration des écosystèmes. Cette équipe est très proche du reste du laboratoire (5 min à pied). Dans l’ensemble, le LIVE mène des recherches pluridisciplinaires sur les milieux urbains, anthropisés et les hydrosystèmes, dans une volonté de compréhension de l’impact des activités humaines sur les socio-écosystèmes. Cette étude est co-financée et réalisée en partenariat avec Voies Navigables de France.

Contraintes et risques

Le ou la candidate devra travailler sur le terrain dans des milieux aquatiques courants, et donc connaître et respecter les consignes de sécurité dans ce type d’environnement. Le ou la candidate réalisera des missions de terrain sur plusieurs jours en dehors de son domicile. Elle manipulera en laboratoire des produits CMR dans le cadre d’expérimentations en biologie moléculaire, et devra donc connaître et respecter les consignes de sécurité.

Informations complémentaires

Le ou la candidate sera inscrit à l’école doctorale 413 Sciences de la Terre et de l’Environnement